北京基因組所(國家生物信息中心)發布更新版新型冠狀病毒信息庫2019nCoVR

  20201228日,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)抗疫攻關團隊在國際學術期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在線發表題為The Global Landscape of SARS-CoV-2 Genomes, Variants, and Haplotypes in 2019nCoVR的文章,系統介紹新型冠狀病毒(簡稱新冠病毒)信息庫2019nCoVR更新版主要內容。 

  201912月底新冠病毒肺炎疫情暴發,為支撐國內外科學研究、疫情防控等工作,國家生物信息中心率先成立抗疫攻關團隊,開展新冠病毒基因組信息整合與變異注釋分析,于2020122日發布新冠病毒信息庫2019nCoVR。這一工作被寫入國務院新聞辦公室發布的《抗擊新冠肺炎疫情的中國行動》白皮書。第一版數據庫發布之后(相關文章于2020212日在《遺傳》雜志中文版發表),抗疫攻關團隊不斷優化改進變異注釋與分析方法,豐富完善數據庫功能。 

  2019nCoVR收集整合國內外多個數據庫的新冠病毒基因組數據,提供實時、全面的新冠病毒基因組元信息、數據質量評估、全球分布與統計等,通過人工審編和自動化質量評估,補充增值注釋信息。在此基礎上,2019nCoVR分析高質量的全長人源病毒基因組數據,注釋新冠病毒基因組變異,獲得全球范圍內新冠病毒基因組變異圖譜,基于采樣時間和國家進行變異動態展示并構建單倍型網絡,監測新冠病毒的時空傳播。 

  截至202114日,2019nCoVR數據庫已為全球175個國家/地區的近20萬用戶提供數據服務,訪問量超50萬次,累計數據下載超過2.2億條,有效支撐了北京新發地疫情分子溯源、巴基斯坦國內新冠病毒傳播演化分析等工作,在全球抗疫過程中發揮了重要作用。 

  北京基因組所(國家生物信息中心)的宋述慧和馬利娜副研究員,以及鄒東、田東梅、李翠萍、朱軍偉工程師為該文共同第一作者,鮑一明研究員、薛勇彪研究員、趙文明正高級工程師、章張研究員為該文共同通訊作者。本研究得到了國家科技部重點研發計劃,以及中科院戰略先導專項、信息化專項、青促會等項目支持。 

  單倍型網絡與譜系分布(截至2020年7月14日)。A. 單倍型網絡動態顯示單倍型(I)在各國(II)和隨時間(III)的發展情況;B. 9大譜系結構圖;C. 9大譜系關系示意圖;D. 9大譜系在各大洲的比例分布;E. 9大譜系與SLG分類之間的關系。

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